网店的主管部门主要涉及以下几方面：
国家商务部
根据《中华人民共和国电子商务法》第六条，电子商务活动由国家商务部进行管理。
国家市场监督管理总局
该部门负责组织指导全国网络交易监督管理工作，并督导县级以上地方市场监督管理部门负责本行政区域内的网络交易监督管理。
工商行政管理部门
根据《网络商品交易及有关服务行为管理暂行办法》和《网络交易监督管理办法》，网络商品交易及有关服务行为的监督管理由县级（含县级）以上工商行政管理部门负责。
综上所述，网店的主管部门包括国家商务部、国家市场监督管理总局和工商行政管理部门。具体职责划分和监管责任制度由相关法律法规进行明确。
