保密工资的赔偿方式主要依据《中华人民共和国劳动合同法》和相关法律规定，具体标准如下：
保密补偿金支付标准
有约定按约定：如果劳动合同或保密协议中明确约定了保密补偿金的标准，则按照约定执行。
无约定按工资比例：如果劳动合同或保密协议中没有约定保密补偿金，则一般按照劳动者解除劳动合同前12个月平均工资的30%支付，且不低于当地最低工资标准。
违反保密协议的赔偿
经济补偿金的两倍：若用人单位未按照法律规范规定解除或终止保密协议，则需要向被解雇员工支付经济补偿金额的两倍作为惩罚性赔偿。
实际损失计算：违反保密协议规定的赔偿以造成的实际损失为基础，并可约定违约金。如果约定的违约金过高，人民法院可以根据实际损失情况进行适当调整。
其他注意事项
补偿上限：保密补偿的上限通常为12个月工资，即个人近一年内工资月均值。
竞业限制补偿：对于签订竞业限制协议的人员，用人单位需按月支付经济补偿，补偿标准为劳动者在劳动合同解除或终止前12个月平均工资的30%。
综上所述，保密工资的赔偿方式主要依据双方的约定以及法律规定，如果没有明确约定，则按照相关法律规定执行。在实际操作中，建议用人单位和劳动者在签订保密协议时明确约定补偿金的标准和支付方式，以避免后续纠纷。
