在处理结算协议时，应遵循以下原则和步骤：
尊重双方协议
即使建设工程施工合同无效，双方后续就工程价款结算签订的协议也应得到尊重和执行。该协议体现了双方的真实意思表示，应按照协议中约定的价款计算方式、支付时间等条款进行结算。
公平合理原则
结算时应遵循公平合理的原则，考虑到工程的实际投入、施工方的合理利润以及发包方的实际受益等因素，确保双方的权益得到平衡。如果协议中的结算条款明显不公平，一方可以主张调整，但需要提供充分的证据证明其不合理性。
过错责任原则
确定合同无效的原因，如果是一方的过错导致合同无效，在结算时可以适当考虑过错方应承担的责任。例如，如果是发包方原因导致合同无效，可能在结算时对承包人给予一定的补偿。
依据规范
根据《中华人民共和国民法典》和《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》，合同无效后，因该合同取得的财产应予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。双方签订的结算协议可以视为折价补偿的具体方式。
法律途径
如果通过协商无法解决结算争议，可以通过以下途径解决：
双方自行和解：双方通过协议、沟通、谈判解决争议，这种方式效率高、经济、友好。
第三方调解：通过专业从事建设工程调解的组织进行调解，达成调解协议后到法院进行确认。
商事仲裁：签订协议时约定由某个仲裁机构根据其仲裁规则仲裁，或者签订协议后通过补充协议方式约定。仲裁通常效率比较高，争议解决时间快，也比较保密。
法院审理：向人民法院提起诉讼或申请仲裁，法院在受理后作出判决之前可以进行调解，达成调解协议后，制作调解书，调解书与判决书具有同等效力。
建议
优先选择和解或调解：对于合作基础较好的合作伙伴，工程结算争议较小的项目，和解或调解是最佳选择，因为它们效率高、经济且友好。
合理利用仲裁和诉讼：如果协商和调解无法解决争议，可以根据合同约定或法律规定选择仲裁或诉讼。仲裁通常比诉讼更快速、保密，而诉讼则具有更强的法律约束力。
准备充分证据：无论通过何种方式解决争议，都应准备充分的证据支持自己的主张，包括合同、协议、签证、结算表等书面证据。
通过以上原则和步骤，可以有效地解决建设工程施工合同无效后的结算协议问题，确保双方的权益得到合理保护。
